Obwohl 1170 als offizielles Gründungsjahr gilt, wurde die Klosterkirche St. Marien vermutlich schon um 1140 als Benediktinerkloster erbaut. Der älteste Teil des romanischen Bauwerkes ist der Ostteil der dreischiffigen Basilika. Im Laufe der Zeit wurde die Kirche durch verschiedene Umbauten erweitert – und stilistisch angepasst. So hat man unter anderem um 1450 den Chor vergrößert und dabei gotisch umgestaltet.
Während des Bauernkrieges 1525 wurden sowohl die Kirche als auch die angrenzenden Klostergebäude schwer beschädigt, sodass Teile des Bauwerkes wie die Seitenschiffe und das Querhaus abgerissen werden mussten. Erst im Jahr 1732 erhielt der romanische Kirchturm seine charakteristische Haube im barocken Stil.
In den 1960er Jahren fanden umfangreiche Restaurierungsarbeiten zur Wiederherstellung der Klosterkirche St. Marien statt. Dabei konnte der ursprüngliche Bauzustand aus den Epochen der Romanik und der Frühgotik rekonstruiert werden.
